c'est pas pareil ... et ça dépend ce que tu veux faire... Si tu le fais en Javascript, alors tu restes coté client = ça servira juste à dire (en gros) "bous avez coché ça". Mais aucune vérification n'est possible, parce qu'il n'y aura aucune sécurité.
En PHP, tu feras un aller/retour vers le serveur, et là tu pourras effectuer une vérification sûre. Mais ça implique un aller/retour, donc rechargement de page.
Quoiqu'il en soit, ça dépend comment sont déclarées tes checkboxes. Ont-elles toutes un id et/ou un name ?
Si tu choisis Javascript, il est meilleur que toutes aient un id="..." et que, bien entendu, l'id soit différent d'une checkbox à une autre, en commençant obligatoirement par une lettre, et sans espace.
Si tu choisis PHP, il faut qu'elles aient un name="..." en sachant que si 2 checkboxes ont le même name, la seconde écrasera la première. PEnse aussi au value="..." qui sera la valeur envoyée au serveur.