En mettant à disposition des chercheurs du projet Folding@Home la puissance inutilisée de votre machine, vous pouvez aider la recherche en biologie moléculaire dont les travaux. PC Astuces s'associe à ce grand projet.

Introduction

Depuis plusieurs années les chercheurs en biologie moléculaire ont démontré, par l'observation et l'expérimentation, que l'action d'une protéine est liée à sa forme en 3 dimensions. L'état actuel des connaissances nous apprend que de nombreuses maladies, génétiques ou non, se traduisent par des anomalies dans la forme des protéines. L'exemple le plus célèbre étant le prion (responsable de la tremblante du mouton, des maladies de la vache folle et de Creutzfeld-Jakob). D'autres exemples de maladies impliquant une mauvaise conformation des protéines sont la maladie d'Alzheimer et de nombreux cancers.

Il est donc important, connaissant la formule chimique d'une protéine, de connaître également les différentes formes qu'elle peut prendre en se repliant, ceci pouvant déterminer son caractère "normal" ou "anormal", inoffensif ou pathogène. Ce repliement étant trop rapide pour être observé "in vivo", une équipe de recherche de l'Université de Stanford, animée par le professeur Vijay Pande, le Pande Group, a décidé d'avoir recours à la simulation informatique pour remédier à cette impossibilité. Il s'agit du projet Folding@home.

Cette simulation nécessite une énorme puissance de calcul qui représente un investissement financier hors de portée de la plupart des services de recherche universitaires. En se fondant sur le modèle adopté par l'Université de Berkeley pour le projet Seti@Home, Le Pande Group fait appel à la technique du calcul distribué qui consiste à "découper" en petites unités indépendantes les calculs à effectuer pour les répartir entre de très nombreux ordinateurs du type ordinateur personnel/ Pour obtenir la puissance de calcul nécessaire à un avancement rapide des recherches, le Pande Group fait appel, dans le monde entier, aux possesseurs d'ordinateurs personnels, disposant d'une connexion à l'Internet, pour offrir au projet la puissance inutilisée de leurs machines.

Après avoir installé et configuré un logiciel client sur votre machine, celui-ci va appeler un serveur de Folding@home, charger une unité de travail (WU), effectuer les calculs, renvoyer les résultats au serveur, charger une nouvelle unité, et ainsi de suite, aussi longtemps que vous souhaiterez contribuer à ce projet scientifique. Folding@home est programmé pour adopter le niveau de plus basse priorité, ce qui signifie que dès que vous avez besoin de puissance pour une tâche, celle-ci est automatiquement libérée, de manière parfaitement transparente. Votre ordinateur n'est jamais ralenti. Pour plus d'information sur l'impact de Folding@home sur les performances système, n'hésitez pas à consulter cet article.

Comment participer ?

Pour participer vous aussi à ce grand projet auquel PC Astuces s'associe, c'est très simple. Il vous suffit pour cela de :

• Télécharger le client ici et de choisir votre OS (Windows, Linux ou MacOS) ainsi que la version console. Celle-ci est conseillée par rapport à la version graphique car elle est plus rapide et plus stable.
• En UserName mettre le préfixe [PCA]_ suivie de votre nom, [PCA]_Clement par exemple pour moi. Vous ferez ainsi parti de la mini équipe PC Astuces.
• En Team Number mettre le numéro 51 Vous rejoindrez ainsi avec nous l'Alliance Francophone, la premiere équipe francophone participant au projet.
• Répondre "n" aux autres questions. (plus de détails ici)

Les stats

• Stats de la mini-team PC Astuces
• Stats totales de l'Alliance francophone

Je tiens à remercier vivement Wis, initiateur de ce sujet pour le forum PC Astuces. J'espère que vous serez nombreux à nous rejoindre dans la mini-team PC Astuces A bientôt,

Salut a tous :) n'hesitez pas si vous avez une question :) et tout comme clement , j'espere que vous serez nombreux a faire partie de ce projet :)

Bonjour aux Astucieuses et Astucieux PCistes [hello] Et merci de votre participation au projet folding@home dans l'Alliance Francophone [chinois] JY.

Pour une fois, mon PC sert Ó quelque chose d'utile !

J'aimerais savoir si une connexion basse vitesse avec modem peut-Ûtre utile? Merci

Bonsoir, Une connexion bas dÚbit ne pose aucun problÞme pour participer Ó Folding. Il est vrai que le tÚlÚchargement des paquets Ó traiter sera alors plus long (2 minutes sous un 56K), mais dÚjÓ, avec un paquet, tu as de quoi faire [smile] Plus d'infos ici : http://www.alliancefrancophone.org/faq.php3?action=view&faq_id=7&config= A bient¶t, ClÚment

Bonne nuit Clement ! VoilÓ je fais partie du team PCA mais j'ai un petit souci : je n'ai du rÚpondre "n" Ó aucune question !!! J'ai vÚrifiÚ et le programme est bien installÚ !

moi qui veut devenir bio-informaticien, j'ai trouvÚ un bon moyen d'aider mes futurs collÞgues, on risque de devoir souvent utiliser cette mÚthode en France si le budget de la recherche continu a etre aussi bas

Chez moi aussi !

Lors du tÚlÚthon 2003 je me suis inscrit pour le dÚcrypton. Est ce que c'est liÚ au projet Folding@home ?

Le seul point commun, c'est que le projet aide la recherche medicale ... sinon decrypton etait sur le genome, et ici, c'est des proteine :)

Bonjour, Les rÚponses "n" concernent en particulier les personnes qui ont dÚcidÚ d'utiliser le client texte (aussi appelÚ "console"). Si vous avez choisi le client graphique, alors la configuration se fait directement par l'intermÚdiaire de boites de dialogues et vous n'avez pas de "n" a mettre nulle part [smile] Si vous voulez etre sur que votre client est bien configurÚ (compte et numero d'Úquipe), vous pouvez visualiser le fichier client.cfg localisÚ dans le rÚpertoire d'installation du programme folding@home. MalgrÚ son extension (.cfg) c'est un fichier texte classique donc vous devriez pouvoir l'ouvrir avec votre Úditeur prÚfÚrÚ (par ex. le bloc-note, sous windows) Dedans, vous devriez trouver au moins les 2 lignes suivantes [code] username= team= [/code] a droite de "username=", vous devriez trouver votre nom de compte (par ex. [PCA]_Clement, pour clement) et Ó droite de "team=" , vous devriez avoir 51 (c-a-d le numÚro de l'Alliance Francophone) Si ce n'est pas le cas, il vous faudra refaire la configuration. Si vous avez des questions ou n'Útes pas sur de votre configuration, n'hÚsitez pas Ó poster un message ici ou sur le forum de l'Alliance Francophone pour que l'on puisse vous aider ... A bientot, JY.

Bonsoir Ó tous, je l'ai installÚ et cela marche d'enfer : pour une fois que je sers Ó quelque chose [smile] C'est bien la premiÞer fois que mon CPU est Ó 100 % pdt si longtemps ... J'en regrette mÛme de ne pas avoir investi dans une station Bi-proc [boom]

Pour le moment, mon pc a traitÚ 9% de son package ! Et vous ?

J'ai dÚjÓ seti@home, est-cce qu'avec ma casserole, les deux pourront tourner en mÛm temps? de faþon utile, je veux dire.

oui :) mais je pense que tu devras peut etre modifier la prioritÚ pour que seti de prenne pas le dessus ... si tu es en console, tu peux le faire quand tu la lance la premiere fois :)

Bonjour, J'ai installÚ Foldina@home sur mes 2 ordi mais je n'ai pas su voir de quand date ce projet? Jusqu'Ó quand est-il "ouvert"?

nicolas65> normalement tu devrais avoir un fichier unitinfo.txt dans ton rÚpertoire d'installation de folding@home. Si tu l'ouvres, tu y trouveras qqchose comme ca: [code]Current Work Unit ----------------- Name: p931_fkbound_l14 Download time: March 17 07:44:44 Due time: April 2 07:44:44 Progress: 0% [__________][/code] Name est le nom du projet sur lequel tu travailles Download time est la date/heure a laquelle la "Work Unit" a ÚtÚ tÚlÚchargÚe Due time est la date/heure avant laquelle les rÚsultats du calcul doivent etre renvoyÚ Progress est le pourcentage de progression dans les calculs. attention: les heures donnÚes sont alignÚes sur GMT. Donc pour moi, dans cet exemple, la WU a ÚtÚ tÚlÚchargÚe il y a qq minutes (France = GMT +1) et je dois finir et renvoyer les calculs avant le 2 Avril

Tu parles du projet de maniere plus global ? c'est a dire folding@home ? a se moment la je ne serait pas te le dire :p en fait,le projet a l'air d'avoir encore de beaux jours devant lui ... personnellement je suis actif depuis plus d'un an :) sinon, pour en savoir plus, tu peux aller la : http://www.alliancefrancophone.org/stanford/foldingathome/about.html :) sinon, bienvenue a tous les nouveaux :)

Modifié par Wis le 17/03/2004 21:32

Bonjour, AprÞs l'installation de Folding@Home sur mon pc (PIV, 3Ghz)je constate, lorsque je ne me sers pas du pc, une utilisation du processeur Ó 50%. Avec comme consÚquence qui m'inquiÞte, une tempÚrature de 58 Ó 60?C alors que sans Folding@Home, la tempÚrature normale ne dÚpasse jamais 50?C. Est-ce que cette tempÚrature de 58 Ó 60?C peut-Ûtre, Ó la longue, nuisible pour ma carte-mÞre ???

ah oui... bonne question, Wis... je n'avais pas vu le msg de nicolas65 de cette facon [smile]

Et ceux qui ne connaissent pas un traitre mot d'anglais ( Ó part week end :o) alors ? Amicalement pepet

Pepet, qu'est ce qui n'est pas clair ou qui pose probleme ?

heu non, ca va encore perso, je conseil de pas l'installer si ca arrive a 65 degrÚ ...

Bonsoir Wis, Effectivement je parlais du projet de maniÞre globale. Bien vu. Merci pour les renseignements

[rougir] wis, o¨ voit-on la tempÚrature ???

Il faut telecharger un soft pour ca :) personnellement,j'utilise le soft "speedfan" .. http://telecharger.01net.com/windows/Utilitaire/optimiseurs_et_tests/fiches/25436.html hop :)

Bonjour Ó tous, j'aurais une(des) petite(s) question(s), quand je veux couper mon PC que dois-je faire avec le programme? lorsque j'allume mon pc dois-je faire quelques choses de particulier? est-ce que je le vois dans MSconfig? (pour ne pas le supprimÚ quand je fais du tri si son nom differe de ce que je connais ) et pour finir j'ai adware et sypbot vont-il l'identifiÚ comme espion? Merci d'augmenter mes connaissances.

Merci Wis !

@Matata, de rien ;) rien a faire, si c'est en mode console, le mieux, c'est de faire un ctrl c ... mais ca marche bien sans :) si c'est en mode graphique, ca se fera automatiquement :) ca depend, tu as installÚ quelle version ? si tu as installÚ la version console, l'as tu mises en console ?:) je suppose que oui :) et si c'est dans la version graphique, ca doit contenir FAH dedans :) Non :) note que j'ai pas testÚ avec spybot, mais je suis quasi sur qu'il ne le detectera pas en temps que spyware ;) de rien, n'hesite pas a continuer Ó m'en poser :)

Modifié par Wis le 18/03/2004 17:29

L'arret du client console sous Win9x/Me (mais pas sous NT, 2000, XP, 2003) peut poser des "problemes": il est possible que Windows dise que le client tourne toujours et refuse de l'arreter sans une boite de confirmation... sinon, je confirme que spybot (avec les mises a jour d'il y a qq jours) ne trouve rien ... mais comme folding@home n'est pas un espion, ce n'est pas Útonnant [smile]

Ben pour le peu que j'en ai vu , c'est tout en anglais . Si je fais quelque chose j'aime bien comprendre amicalement PePet

ben je te conseil : http://www.alliancefrancophone.org/ tu auras tout les renseignements en francais :) sinon le site http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/ est en cours de traduction (par nos soin ! ) et donc si tu clic sur le drapeau francais, tu auras une partie en francais :) voila :)

Bonsoir Et une adepte de plus [smile] Et la tempÚrature de mon processeur ne bouge pas, toujours pareil. @ +

Bonjour, maintenant ce qui m'inquiÞte est que j'arrive Ó þa: Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2000 portions Copyright (c) Michael Shirts 2001 portions Copyright (c) Vijay S Pande 2001 mais dans un fichier texte qui s'apelle "unitinfo le pourcentage que je vois est sur O% est-ce normale? merci

re :) 1/2H aprÞs cela: Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2000 portions Copyright (c) Michael Shirts 2001 portions Copyright (c) Vijay S Pande 2001 il me marque: finished a frame(4) finished a frame(5) et la þa fait 1/2 que þa ne bouge pas dans le fichier ou la progression est visible. Est ce normale? dÚsolÚ pour ces questions mais j'aimerais bien que þa fonctionne...

ratana> merci de nous avoir rejoint! [smile] momo> les frames ou steps correspondent a des points de sauvegardes de l'unitÚ de travail (ou WU, pour "work unit") que tu as recu. Leur nombre peut varier mais c'est donnÚ dans tous les cas au dÚmarrage de la WU. par ex, chez moi, j'ai ca: [code][08:39:33] Protein: p694_L939_wt_ext [08:39:33] - Run: 53 (Clone 64, Gen 2) [08:39:33] - Frames Completed: 0, Remaining: 400[/code] De plus, a chaque fois qu'une frame/step est terminÚe, le client affichera qqchose comme : [code][hh:mm:ss] - finished a frame (x)[/code] avec hh:mm:ss correspondant a l'heure a laquelle la frame a ÚtÚ finie et x correspondant au numÚro de frame. le format de cette ligne peut changÚe en fonction du type de WU sur lequel tu travailles, mais en gros, tu auras tjrs ce type d'info... si tu as vu affichÚ [code]finished a frame(4) finished a frame(5)[/code] c'est que le client travaille... donc pas de souci de ce cotÚ la... il faudrait que tu regardes maintenant a quelle date/heure ces lignes se sont affichÚes (le fameux [hh:mm:ss] qui doit se trouver en dÚbut de ligne) et en faisant une soustraction des 2 temps, calculer le temps par frame... ca te permettra de savoir a peu pres quand la frame 6 sera terminÚe Bien sur, si tu utilises plus intensÚment ta machine (jeux, etc...) pendant cette pÚriode, le calcul prendra plus de temps. Si tu ne veux pas t'embeter a faire tout ca a chaque fois, il existe des programmes permettant de faire ce calcul automatiquement (et bien plus) . par exemple, sous Windows, tu peux utiliser EM3 que tu pourras trouver ici: http://www.em-dc.com ... un guide d'installation/d'utilisation en francais est disponible ici: http://www.alliancefrancophone.org/outils_em3.html a+ JY.

Modifié par JWhy le 19/03/2004 10:19

salut mon sauveur....;-) comme je te le disais je voudrais bien que þa fonctionne, car je ne suis pas trÚs fort en informatique, mais j'ai un PC qui reste allumÚ pour rien et une connection illimitÚe alors autant en profitÚ. en gros entre 2 frame il y a 1/2 de taf lÓ j'en suis Ó la 7 Þme. Mais la progression ne bouge jamais c'est normale, j'ai rÚduit le fichier texte et donc regarde souvent mais je n'ai jamais vu autre chose que le zÚro...? A plus pour d'autre question :-D

pas de souci, ca fonctionne: si le client/le fichier fahlog.txt affiche finished a frame(x) (avec x qui va en augmentant), c'est tout bon [smile] le seul pb semble etre le contenu du fichier unitinfo.txt qui ne se met pas a jour ... ta WU fait combien de frames ? cf dans le fichier fahlog.txt: "Frames Completed: XXX, Remaining: YYY" , nbre de frame = XXX+YYY ou dans le fichier unitinfo.txt: "Name: XYZ" et une fois le nom XYZ trouvÚ, recherche le nombre de frame pour ce projet dans la page http://folding.stanford.edu/psummary.html

Modifié par JWhy le 19/03/2004 10:41

Quand tu dis: tu parles du fichier unitinfo.txt ? Je ne sais pas si c'est ce que tu fais, mais si tu l'ouvres dans le "Bloc-Notes" Windows et que tu minimise la fenetre, ce qui sera affichÚ dans le "Bloc-Notes" ne sera pas modifiÚ, meme si le contenu du fichier change... il faudra que tu fermes le "Bloc-Notes" et rÚouvres le fichier pour voir les changements...

Modifié par JWhy le 19/03/2004 10:49

Voila ce que je trouve en fin de mon fichier fahlog.txt: [07:29:12] Protein: p694_L939_wt_ext [07:29:12] - Run: 13 (Clone 75, Gen 5) [07:29:12] - Frames Completed: 3, Remaining: 397 [07:29:12] - Dynamic steps required: 4962500 [07:29:12] [07:29:12] Writing local files: [07:29:12] [07:29:12] parameters work/wudata_01.prm [07:29:12] - Writing "work/wudata_01.key": (overwrite) successful. [07:29:12] - Writing "work/wudata_01.xyz": (overwrite) successful. [07:29:13] - Writing "work/wudata_01.prm": (overwrite) successful. [07:29:16] - Writing "work/wudata_01.key": (append) successful. [07:29:16] [07:29:16] PROJECT="work/wudata_01", NSTEPS=4962500, DT=2.0000, DTDUMP=25.000000, TEMP=298.00 [07:29:16] TINKER: Software Tools for Molecular Design [07:29:16] Version 3.8 October 2000 [07:29:16] Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2000 [07:29:16] portions Copyright (c) Michael Shirts 2001 [07:29:16] portions Copyright (c) Vijay S Pande 2001 [08:00:54] Finished a frame (4) [08:31:33] Finished a frame (5) [09:00:24] Finished a frame (6) [09:28:13] Finished a frame (7) Pour ce qui est de la progression c'est bon þa fonctionne une fois la rÚponce envoyÚe je l'ai fermÚ puis rÚouvert et cela me marquais 2%(va pas bien vite quand mÛme...:-$ Merci encore pour ton aide.